(PressFire.no): Nvidia, Intel og andre teknologigiganter ber nå på sosiale medier spillere med kraftige skjermkort og prosessorer om å hjelpe til i kampen mot Coronaviruset som sprer seg verden over.
Det er via programmet «Folding@home» vanlige pc-brukere kan donere prosessorkraft til å kjøre enorme kalkulasjoner som trengs for å simulere hvordan proteinene i viruset fungerer.
Det er disse proteinene i viruset som er nøkkelen til hvordan antistoffer reagerer på det, og simuleringene «bretter» disse proteinene på mange forskjellige måter – som igjen kan være et startpunkt for produksjon av for eksempel en vaksine.
Nvidia viser blant annet til en bloggpost skrevet av Greg Bowman, mannen bak «Folding@home», hvor han maner til samarbeid for å bekjempe viruset.
Han forklarer at Coronaviruset er ganske likt SARS-coronaviruset som gikk kloden rundt i 2002-2003, og at dette er et godt utgangspunkt for en rekke tester som kan kjøres.
- Det første steget til infeksjon skjer i lungene, når et protein på overflaten til viruset fester seg til et mottakerprotein på en lungecelle, skriver Bowman.
- Dette virus-proteinet kalles et pigg-protein, og mottakeren heter ACE2 (Angiotensin-converting enzyme 2).
Bowman skriver videre at det allerede foreligger lavoppløselige strukturer av det gamle SARS-piggproteinet, og at det er kjent hvilke mutasjoner det nye Coronaviruset har. Dermed mener han at de kan treffe godt med simuleringene, siden de vet omtrent hvor de skal starte.
Hva er proteiner, og hvorfor brettes de?
Proteiner er noe som finnes i alt av levende vesener på jorda, fra mennesker til virus - planter og kyr. Proteinene finnes inni hver eneste levende celle, og er det som gjør at cellene kan fungere slik de gjør. De lar oss for eksempel bryte ned mat for å få energi, sender informasjon fra hjernen til musklene, eller frakter næring gjennom blodet.
Det finnes tusenvis av forskjellige proteiner, men de har veldig mye til felles.
På nesten samme måte som et molekyl er bygd opp av flere atomer, er et protein bygd opp av hundrevis av ørsmå aminosyrer. Det er hvordan disse byggeklossene, aminosyrene, ligger inni proteinet som bestemmer egenskapene til dette, men det er både tidkrevende, møysommelig og dyrt arbeid å finne ut akkurat hvordan disse proteinene er oppbygd.
Et protein med tusenvis av slike byggeklosser har et ekstremt stort antall mulige kombinasjoner, og det kreves svært stor maskinkraft for å kunne simulere hvordan ting utarter seg.
Aminosyrene ligger som lange tråder inni proteinet, men et protein vil alltid «klumpe seg» sammen. Derfor er det viktig at aminosyrene kommer på riktig plass før den såkalte brettingen (sammenklumpingen) skjer.
I virkeligheten vil en feilbretting i et protein, der ting ikke ligger der de skal, potensielt være ekstremt skumle greier. Det er takket være proteiner med feil i seg at vi har sykdommer som Alzheimer, Parkinson's og flere typer kreft.
Et av verdens kraftigste datanettverk
- Proteiner er ikke stillestående. De rister og brettes og brettes ut til de får mange former. Vi trenger å studere ikke bare én form av proteinet, men alle måter proteinet kan riste og brette seg for å på best mulig måte kunne forstå hvordan det samhandler med ACE2-mottakerne, skriver Bowman.
Nettverket av maskiner som er koblet til prosjektet ga en datakraft på 98,7 petaFLOPS i starten av mars i år, eller 98,7 billiarder (15 nuller) kalkulasjoner i sekundet om du vil.
Satt opp mot verdens kraftigste superdatamaskiner, ville nettverket vært på andreplass.
Det er Standford University som står bak prosjektet, som siden oppstarten i 2000 har produsert hele 223 vitenskapelige artikler.
Du kan selv laste ned «Folding@home» og sette skjermkortet og CPUen din til å dundre på med kalkyler her.